Als Herzog Heinrich II. Jasomirgott Wien zur Residenz des Babenbergerreiches machte, berief er 1155, um die Bedeutung der neuen Hauptstadt zu heben, iroschottische Mönche aus dem St. Jakobs-Kloster in Regensburg nach Wien. So entstand in den Jahren 1160 bis 1200 außerhalb der damaligen Stadtgrenze (heute: Freyung Nr. 6) ein mächtiger romanischer Kirchenbau. Im Jahr 1418 endete die Ära der iroschottischen Mönche, da ihnen im Zuge der Melker Klosterreform wegen des immer spärlicher werdenden Nachwuchses an Mönchen nahe gelegt wurde, auch Einheimische in ihre Reihen aufzunehmen. Die Iroschotten zogen es aber vor, in ihre Mutterabtei nach Regensburg zurückzukehren. Der Name „Schotten“ blieb jedoch bis heute erhalten. Benediktiner aus Melk übernahmen nun das Stift. Die Mönche bereuten bald ihre Entscheidung und wollten von Regensburg wieder zurückkehren, doch ihr Verzicht auf das Kloster war nicht mehr rückgängig zu machen.

Die grundlegende Neugestaltung der Schottenabtei fällt in das 17. und 18. Jahrhundert, 1648 wurde der heutige Kirchenbau vollendet.

Im Jahre 1807 kam es auf kaiserlichen Wunsch zur Gründung des „Schottengymnasiums“, das die alte Schultradition des Hauses auf der Freyung aufgreifen und weiterführen sollte. Die angesehene Schule ist seit dieser Zeit zu einem Hauptarbeitsgebiet der Mönche geworden.

Die jetzige Schottenkirche ist ein großzügig entworfener barocker Sakralbau. In der Kirche links über dem Tabernakel des Marienaltars befand sich ursprünglich die älteste marianische Gnadenstatue Wiens (um 1250). Zu ihr betete Kaiser Ferdinand III. 1645, als sich die Schweden Wien näherten, und gelobte, zum Dank für die Abwehr der Schwedengefahr eine steinerne Mariensäule zu errichten, die nun Am Hof zu finden ist. Die Statue wurde im Zuge der Renovierung 1994 in die Romanische Kapelle verlegt. In der Schottenkirche findet man die Gruft der Kirchengründer Heinrich II. Jasomirgott, seiner Gattin Theodora und ihrer Tochter Agnes. Auch der bedeutende Barockmaler Paul Troger (1698 bis 1762) ist hier bestattet.